1、  作为项目负责人主持国家自然科学基金面上项目《新城区居住就业空间协调发展机制及规划调控研究》（项目批准号51678131，2017－2020）。

2、  参加国家自然科学基金面上项目《基于空间生产—消费全过程的旧城空间再生研究》（项目批准号51678130，2017－2020）,《“就业-居住”共轭视角下大城市流动人口居住空间模式研究——以苏南地区为实证》（项目批准号51178097，2012－2015），《新型城市化阶段长三角城市区域就业空间演化与重组研究》（项目批准号51078071，2011－2013），排名第三。

3、 巢耀明作为项目负责人设计的北京大栅栏商业街环境整治规划2010年12月在“首都第17届城市规划建筑设计方案汇报展”获得由北京市规划委员会颁发的优秀方案奖（合作单位：华通设计顾问工程有限公司）。

4、巢耀明作为项目负责人于2010年1月完成的天府城际商旅城——成华区（成都新客站）片区城市设计在荷兰高柏伙伴规划园林建筑顾问公司、美国TVS设计公司(代表作品迪拜中央商务区总体规划和“亚特兰大百年奥运公园”)等国际著名设计公司参加的国际竞赛中，由新加坡“规划之父”刘太格，中科院院士郑时龄等知名大师组成的评审小组评为国际竞赛第一名。

5、巢耀明作为主要负责人设计的淮安市文庙-慈云寺地区城市设计获2006年江苏省城乡建设系统优秀勘察设计三等奖，2006年江苏省第十二届优秀工程设计三等奖。

1、  指导学生完成的2016年六校联合毕设获2016年江苏省本科团队优秀毕业设计,教育部高等学校设计学类专业教学指导委员会颁发的第2届中国人居环境设计学年奖本科组城市设计类银奖，第2届中国人居环境设计学年奖优秀指导教师奖。

2、  指导学生完成的2017年六校联合毕设获2017年江苏省本科团队优秀毕业设计,在中国台湾获全国TEAM20两岸规划建筑新人奖，获教育部高等学校设计学类专业教学指导委员会颁发的第3届中国人居环境设计学年奖本科组城市设计类铜奖，第3届中国人居环境设计学年奖优秀指导教师奖。

3、 巢耀明，郁晨, 历史村落中宗族文化的保护与再利用——以南京溧水诸家古村为例[J ].城市建筑，2017[6]:41-46

4、  巢耀明，史淑洁.环境微更新的历史地段保护模式探索[J ].建筑与文化，2015[5]:142-144

5、 巢耀明. 面向21世纪的日本福利都市环境整备[J ]. 现代城市研究，2005[3]:97-103

6、 巢耀明. 苏州环护城河风貌保护区南门路段规划设计[J ]. 规划师，2004[4]:59-63

7、 巢耀明. 大型博览会建设中生态环境的可持续发展[J ]. 建筑学报，2004[12]:26-29

8、 巢耀明、孔令龙. 传统街区更新中历史文化资源的保护与利用[J ]. 城市规划，2004[11]:93-96

9、 巢耀明. 从量的控制到质的控制——加强城市形态环境的规划管理控制[J ]. 城市规划，1996[4]:54-55