1、空间转录组的研究及应用：本项目来源于国家重大科研仪器设备研制项目，2019年立项，总经费8000万元，主要进行全脑空间的组学信息为基础的分型测绘系统研制。与当前热门的脑计划相呼应，为其提供全面可靠的分析技术平台进行神经细胞分类研究、脑图谱构建等，重点在高精度空间定位基础上那个进行神经元形态和测量与绘制，实现精准取样、转录组空间测量，单细胞内蛋白信息等的融合检测。建立更加准确的细胞分型标准，在单细胞水平上事项全脑三维空间内的神经元分型，为绘制全脑介观神经网络连接图谱并应用于临床诊断治疗等提供支撑。本课题组主要负责单细胞水平空间转录组样本准备及测序文库制备技术的研究和测序数据的分析。

2、循环（游离）核酸的检测及应用：人类血浆中存在大量游离的核酸能够用于个体生理病理状态的指示。孕妇外周血中亦存在胎儿的核酸信息，因此可以以此为材料进行无创产前诊断的研究，但是大量母体核酸背景影响了检测的灵敏度与特异性，本课题组长期进行微量循环核酸的检测及应用探索，在胎儿DNA的富集方法、测序文库构建方法及母体血浆中胎儿核酸的生物学特征研究中取得了一定的成果。目前正进一步探讨血浆外泌体中游离核酸的存在形式、存在状态与规律的探索，并以期应用于临床检测中。

3、DNA存储的研究：大数据时代信息存储介质成为了限制其进一步发展的关键因素，DNA作为新型存储介质引起了研究者的关注，目前已经从编解码、存储、读取等几个方面展开了系统的研究，为将来的实际应用展示了良好的前景，本课题组主要进行DNA储存构建和DNA数据读取的研究，目前在均匀扩增、高效读取方面积累的一些方法。

主持科研项目（纵向项目）

1.  江苏省科技厅，自然科学基金面上项目，BK20201148，胎儿DNA分离方法及其在无创产前诊断中的应用研 究，2020.07-2023.06, 10万元，在研，主持。

2. 中大医院-生物电子学国家重大实验室交叉创新研究基金项目，2018yy-jccx001，液体活检在淋巴瘤精准诊断和预后判断中技术研发和临床转化应用，2018.06-2019.06，10万元，结题，主持。

3.  东南大学-南京医科大学合作研究项目-面上项目，2242018K3DN19，基于外泌体环状RNA的肺癌分子分型研究，2018.03-2018.12, 10万元，结题，主持。

4.  清华信息科学与技术国家实验室（筹）学科交叉基金项目，太湖蓝藻微环境中微生物群落宏转录组研究，2015.01-2015.12，15万，结题，主持

5.  国家自然科学基金，61271055，高通量测序样本制备方法及其在孕妇外周血微量循环核酸研究中的应用，2013.01-2016.12，80万元，结题，主持。

6. 国家自然科学基金，60701008，孕妇外周血胎儿DNA甲基化高通量检测方法的研究，2008.01-2010.12，22万元，结题，主持。

7. 教育部博士点基金，2007，高通量DNA甲基化检测方法及其在无创性产前诊断中的应用，2008.01-2010.12，3.6万元，结题，主持。

主持科研项目（横向项目）

1.  技术开发项目（华为终端有限公司），YBN2020095004，智能穿戴体温技术项目，2020.12-2021.06，102.2996万元，在研，主持。

2.  科技服务项目（无锡光大分析技术有限责任公司），太湖蓝藻样本的高通量测序与分析，2018.09-2019.09，15.12万元，结题，主持。

3.  技术服务项目（深圳市中医院），原发性肝癌主要证型标记物谱筛选及中药疗效评价，2018.08-2020.12，92万元，结题，主持。

参与科研项目

1.  国家重大科学仪器研制专项项目，81827901，基于形态与组学空间信息的细胞分型全脑测绘系统，2019.01-2023.12，7232.47万元（1003万元），在研，第一合作人。

2.  江苏科技厅，社会发展重点项目，BE2017747，高危急性白血病早期精准诊断和复发预警技术及其临床应用，2017.07-2020.06，200万元，结题，第二合作人。

3. 江苏科技厅，社会发展面上项目，BE2016741，空气污染物暴露致儿童神经损伤的标识物分析及应用研究，2016.07-2019.06，40万元，结题，第一合作人。

4. 国家重点研发计划，2016YFA0501602、纳米器件中蛋白质机器构象时空信号检测和应用研究，2016.07-2021.07、2208万元，在研，第三合作人。

5. 国家自然科学基金国家重大科研仪器设备研制专项，61227803，基于微流控芯片的高通量自动化DNA 测序装置，2013.01-2016.12，300万元，结题，第二合作人。

6. 863计划-重大项目，2012AA02A103，新一代DNA测序技术及相关产品研发，2012.06.01-2013.05.31，416万元，结题，第四合作人。

7.  国家科技重大专项课题，重大新药创制，2012ZX09506001（2012ZX09506001-009），个体化用药相关重要生物标志物及其新型检测试剂盒研发关键技术（抑郁症个体化用药生物标志物筛查以及检测试剂盒研发），2012.01-2015.12，4135.85万元（296.28万元）结题，第三合作人。

8. 高等学校博士学科点专项科研基金，20110092130003, 不同类型生化过程在微流控芯片上的集成、2012.01-2014.12、40万元、结题、第四合作人。

9.  技术开发项目（华为），H201910451，DNA编解码项目技术开发合同，2019.10-2020.12，82.4万元，在研，第四合作人。

10.  技术开发项目（华为），H201910453，DNA存储系统构架项目技术开发，2019.10-2020.12，154.5万元，在研，第一合作人。

近三年发表的主要文章列表：

1.      Zhou,Y; Jia, ET; Qiao, Y; Shi, HJ; Liu, ZY; Pan, M; Zhao, XW; Bai, YF; Ge, QY. Lowbias multiple displacement amplification with confinement effect based onagarose gel. ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY. 2021, 413: 4397_4405.10.1007/s00216-021-03415-3

2.      Zhu,CM; Zhang, JY; Wang, X; Yang, YQ; Chen, N; Lu, ZH; Ge, QY; Jiang, R; Zhang, XG;Yang, YF; Chen, T. Responses of cyanobacterial aggregate microbial communitiesto algal blooms. WATER RESEARCH. 2021, 196: 117014.10.1016/j.watres.2021.117014

3.      Shi,HJ; Zhou, Y; Jia, ET; Pan, M; Bai, YF; Ge, QY. Bias in RNA-seq LibraryPreparation: Current Challenges and Solutions. BIOMED RESEARCH INTERNATIONAL.2021, 2021: 6647597. 10.1155/2021/6647597

4.      Jia,ET; Zhou, Y; Shi, HJ; Pan, M; Zhao, XW; Ge, QY. Effects of brain tissue sectionprocessing and storage time on gene expression. ANALYTICA CHIMICA ACTA. 2021,1142: 38_47. 10.1016/j.aca.2020.10.046

5.      Wang,LJ; Wang, J; Jia, ET; Liu, ZY; Ge, QY; Zhao, XW. Plasma RNA sequencing ofextracellular RNAs reveals potential biomarkers for non-small cell lung cancer.CLINICAL BIOCHEMISTRY. 2020, 83: 65_73. 10.1016/j.clinbiochem.2020.06.004

6.      Bao,ZS; Zhang, B; Li, L; Ge, QY; Gu, WJ; Bai, YF. Identifying disease-associatedsignaling pathways through a novel effector gene analysis. PEERJ. 2020, 8:e9695. 10.7717/peerj.9695

7.      Jia,ET; Pan, M; Liu, ZY; Zhou, Y; Zhao, XW; Dong, J; Bai, YF; Ge, QY.Transcriptomic profiling of differentially expressed genes and related pathwaysin different brain regions in Parkinson's disease. NEUROSCIENCE LETTERS. 2020,732: 135074. 10.1016/j.neulet.2020.135074

8.      Lu,JF; Xue, Y; Wang, YH; Ding, Y; Zou, QY; Pan, M; Qiao, LW; Zhang, CH; Ge, QY;Wang, T; Li, H. CiRS-126 inhibits proliferation of ovarian granulosa cellsthrough targeting the miR-21-PDCD4-ROS axis in a polycystic ovarian syndromemodel. CELL AND TISSUE RESEARCH. 2020, 381: 189_201. 10.1007/s00441-020-03187-9

9.      Chen,RP; Du, X; Cui, YJ; Zhang, XY; Ge, QY; Dong, J; Zhao, XW. Vertical Flow Assayfor Inflammatory Biomarkers Based on Nanofluidic Channel Array and SERSNanotags. SMALL. 2020, 16: 2002801. 10.1002/smll.202002801

10.   Pan,M; Chen, PS; Lu, JF; Liu, ZY; Jia, ER; Ge, QY. The fragmentation patterns ofmaternal plasma cell-free DNA and its applications in non-invasive prenataltesting. PRENATAL DIAGNOSIS. 2020, 40: 911_917. 10.1002/pd.5680

11.   Jia,ET; Zhou, Y; Liu, ZY; Wang, LJ; Ouyang, TL; Pan, M; Bai, YF; Ge, QY.Transcriptomic Profiling of Circular RNA in Different Brain Regions ofParkinson's Disease in a Mouse Model. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULARSCIENCES. 2020, 21: 3006. 10.3390/ijms21083006

12.   Shen,P; Zhao, GH; Liu, YQ; Ge, QY; Sun, QJ. Liposomal Spherical Nucleic AcidScaffolded Site-Selective Hybridization of Nanoparticles for Visual Detectionof MicroRNAs. ACS APPLIED BIO MATERIALS. 2020, 3: 1656_1665.10.1021/acsabm.9b01222

13.   Bai,YF; Wang, ZX; Liu, ZY; Liang, GY; Gu, WJ; Ge, QY. Technical progress incirculating tumor DNA analysis using next generation sequencing. MOLECULAR ANDCELLULAR PROBES. 2020, 49: 101480. 10.1016/j.mcp.2019.101480

14.   Bao,ZS; Zhu, YH; Ge, QY; Gu, WJ; Dong, XJ; Bai, YF. Signaling Pathway AnalysisCombined With the Strength Variations of Interactions Between Genes UnderDifferent Conditions. IEEE ACCESS. 2020, 8: 138036_138045. 10.1109/ACCESS.2020.3010796

15.   Wang,YQ; Gu, WW; Qiu, YL; Wang, ZL; Guo, BY; Ge, QY. The interactions of dopamine D4receptor and family cohesion or conflict on university students' prosocialtendency. CHINESE SCIENCE BULLETIN-CHINESE. 2020, 65: 2032_2046.10.1360/TB-2020-0132

16.   Zhou,Y; Jia, ET; Pan, M; Zhao, XW; Ge, QY. Encoding Method of Single-cell SpatialTranscriptomics Sequencing. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL SCIENCES. 2020,16: 2663_2674. 10.7150/ijbs.43887

17.   Zhou,Y; Ge, QY; Wu, ZF; Meng, XM. Observation of rhegmatogenous retinal detachmentassociated with choroidal detachment after vitrectomy by optical coherencetomography angiography. IMAGING SCIENCE JOURNAL. 2019, 67: 447_452.10.1080/13682199.2020.1714114

18.   Gu,Y; Song, CH; Dovat, S; Guo, QL; Ge, QY; Ge, Z. Oncogenesis of CRLF2Overexpression and Effect of JAK2 Inhibitor in CRLF2 Overexpressed B-Cell AcuteLymphoblastic Leukemia. BLOOD. 2019, 134: . 10.1182/blood-2019-125259

19.   Liu,ZY; Wang, ZX; Jia, ET; Ouyang, TL; Pan, M; Lu, JF; Ge, QY; Bai, YF. Analysis ofgenome-wide in cell free DNA methylation: progress and prospect. ANALYST. 2019,144: 5912_5922. 10.1039/c9an00935c

20.   Zhu,CM; Zhang, JY; Guan, R; Hale, L; Chen, N; Li, M; Lu, ZH; Ge, QY; Yang, YF;Zhou, JZ; Chen, T. Alternate succession of aggregate-forming cyanobacterialgenera correlated with their attached bacteria by co-pathways. SCIENCE OF THETOTAL ENVIRONMENT. 2019, 688: 867_879. 10.1016/j.scitotenv.2019.06.150

21.   Jia,ET; Liu, ZY; Pan, M; Lu, JF; Ge, QY. Regulation of bile acid metabolism-relatedsignaling pathways by gut microbiota in diseases. JOURNAL OF ZHEJIANGUNIVERSITY-SCIENCE B. 2019, 20: 781_792. 10.1631/jzus.B1900073

22.   Tian,F; Wang, J; Ouyang, TL; Lu, N; Lu, JF; Shen, YT; Bai, YF; Xie, XY; Ge, QY.MiR-486-5p Serves as a Good Biomarker in Nonsmall Cell Lung Cancer andSuppresses Cell Growth With the Involvement of a Target PIK3R1. FRONTIERS INGENETICS. 2019, 10: 688. 10.3389/fgene.2019.00688

23.   2019       Chen, RP; Liu, B; Ni, HB; Chang, N; Luan,CX; Ge, QY; Dong, J; Zhao, XW. Vertical flow assays based on core-shell SERSnanotags for multiplex prostate cancer biomarker detection. ANALYST. 2019, 144:4051_4059. 10.1039/c9an00733d

24.   Duan,MQ; Chen, L; Ge, QY; Lu, N; Li, JJ; Pan, X; Qiao, Y; Tu, J; Lu, ZH. Evaluatingheteroplasmic variations of the mitochondrial genome from whole genomesequencing data. GENE. 2019, 699: 145_154. 10.1016/j.gene.2019.03.016

25.   Xie,X; Tu, J; Ge, QY; Lu, ZH; Sun, LT. Nanoscale Observation of ConformationalTransformation of DNA Polymerase via In-Situ Liquid-Cell Transmission ElectronMicroscopy. JOURNAL OF BIOMEDICAL NANOTECHNOLOGY. 2019, 15: 1106_1111.10.1166/jbn.2019.2740

26.   Ouyang,TL; Liu, ZY; Han, ZY; Ge, QY. MicroRNA Detection Specificity: Recent Advancesand Future Perspective. ANALYTICAL CHEMISTRY. 2019, 91: 3179_3186.10.1021/acs.analchem.8b05909

27.   Bao,ZS; Zhu, YH; Ge, QY; Gu, WJ; Dong, XJ; Bai, YF. gwSPIA: Improved SignalingPathway Impact Analysis With Gene Weights. IEEE ACCESS. 2019, 7: 69172_69183.10.1109/ACCESS.2019.2918150

28.   Shen,YT; Bu, L; Li, R; Chen, ZZ; Tian, F; Ge, QY. Expression And BiologicalInteraction Network Of RHOC For Hepatic Carcinoma With Metastasis In PBMCSamples. ONCOTARGETS AND THERAPY. 2019, 12: 9117_9128. 10.2147/OTT.S222235

29.   Zhang,D; Huang, L; Liu, B; Ge, QY; Dong, J; Zhao, XW. Rapid and UltrasensitiveQuantification of Multiplex Respiratory Tract Infection Pathogen via LateralFlow Microarray based on SERS Nanotags. THERANOSTICS. 2019, 9: 4849_4859.10.7150/thno.35824