1. 人体不同组织衰老细胞的精细鉴定与调控机制解析

整合大规模多组学、单细胞测序以及空间转录组学的前沿技术，全面解析人体各类组织中的衰老细胞图谱。挖掘不同组织衰老过程中的细胞异质性，精确鉴定调控衰老的关键基因及其信号通路，为理解衰老机制及开发抗衰老策略提供坚实的理论基础和科学依据。

2. 人类重大疾病的多维组学整合与调控网络分析

开发创新的多维组学分析方法，系统整合衰老、癌症及代谢性疾病等领域的海量组学数据。鉴定重大疾病发生发展的关键分子网络，构建疾病进展的信号调控模型，为疾病的早期诊断、风险评估及精准治疗提供强有力的支撑。

3. 人体发育与疾病关键标志物的鉴定及治疗策略开发

基于衰老、发育及疾病过程的高精度分子图谱，鉴定影响人体发育进程及疾病发生发展的关键标志物。通过功能验证和机制探索，挖掘标志物的潜在分子靶标，加速靶向药物的研发进程。将研究成果转化为临床应用，为患者提供更为个性化、有效的治疗方案，推动精准医疗的发展。

1. 东南大学新进教师启动经费，主持，2024-2027

2. 东南大学学科交叉青年特支计划，子课题负责人，2024-2027

衰老是导致机体老化和多种人类疾病的关键因素。然而，衰老细胞的组织分布、关键调控因子和作用机制仍知之甚少。课题组在衰老的网络方法开发、网络模型构建和代谢调控机制研究取得了一系列进展：1）开发了共表达网络分析新方法，能够揭示网络的拓扑结构，生成精细的基因模块；2）构建了50种人体组织的衰老调控网络，解析了衰老基因的功能模块和关键的细胞类型；3）阐明了衰老的代谢机制，鉴定了胰岛素抵抗的分子网络及驱动基因。共发表22篇SCI论文，包括 Nature Medicine、 Nature Aging、 Nature Cell Biology 和 Nature Cancer 等顶尖期刊。其中10篇以第一/通讯作者发表于Cell  Systems、Aging Cell、Molecular Neurodegeneration、Genome Research和Bioinformatics等知名期刊。参与 NIH R01 科研项目等 4项， 参与国际大型群体队列 AAGMEx、 GTEx、 Mount Sinai Brain Bank（MSBB）和 TCGA 的数据分析，论文引用数为 760， H-index 为 15。

代表性论文：

1、Xu, P. , Kong, Y.,Palmer, N., Ng, M., Zhang, B., and Das, S.K. (2024). Integrated Multi-OmicAnalyses Uncover the Effects of Aging on Cell-Type Regulation inGlucose-Responsive Tissues. AgingCell, 23(8): e14199. (一作兼通讯)

2、Xu,P. andB. Zhang (2023). Multiscale network modeling reveals the gene regulatorylandscape driving cancer prognosis in 32 cancer types. Genome Research33(10): 1806-1817. (一作兼通讯, 封面文章)

3、Xu, P. +, Wang, M.+, Sharma, N.K. +, Comeau, M.E., Wabitsch, M., Langefeld,C.D., Civelek, M., Zhang, B., and Das, S.K. (2023). Multi-omic integration reveals cell-type-specific regulatory networksof insulin resistance in distinct ancestry populations. Cell Systems 14, 41-57.e48. 

4、Xu, P., Wang, M., Song, W.M.,Wang, Q., Yuan, G.C., Sudmant, P.H., Zare, H., Tu, Z., Orr, M.E., and Zhang, B.(2022). The landscape of human tissue andcell type specific expression and co-regulation of senescence genes. Molecular Neurodegeneration 17, 5. 

5、Wang,M. +, Song, W.M. +, Ming, C. +, Wang, Q.+, Zhou, X. +, Xu, P.+, Krek, A., Yoon, Y., Ho, L., Orr, M.E., et al. (2022). Guidelines for Bioinformatics of Single-CellSequencing Data Analysis in Alzheimer’s Disease: Review, Recommendation,Implementation and Application. MolecularNeurodegeneration 17, 17. (共同一作)

6、Xu, P., Chen, Y., Gao, M.,Chong, Z. (2021). ClipSV: Improvingstructural variation detection by read extension, spliced alignment, andtree-based decision rules. NAR GenomBioinform 3, lqab003. 

7、Xu, P., Kennell Jr, T., Gao,M., Consortium, H.G.S.V., Kimberly, R.P., and Chong, Z. (2020). MRLR: unraveling high-resolution meioticrecombination by linked reads. Bioinformatics36, 10-16. 

8、Kong,Y.+, Xu, P.+,Jing, X., Chen, L., Li, L., and Li, X. (2017). Decipher the ancestry of the plant-specific LBD gene family. BMC Genomics 18, 1-10. (共同一作)

9、Xu, P. +, Kong, Y. +,Song, D., Huang, C., Li, X., and Li, L. (2014). Conservation and functional influence of alternative splicing in woodformation of Populus and Eucalyptus. BMCGenomics 15, 1-12. 

10、Xu,P.,Kong, Y., Li, X., and Li, L. (2013). Identificationof molecular processes needed for vascular formation through transcriptomeanalysis of different vascular systems. BMC Genomics 14, 1-11. 

其它论文：

1、Huang,F., Xu, P., Yue, Z., Song, Y., Hu, K., Zhao, X., Gao, M., & Chong,Z. (2024). Body Weight Correlates with Molecular Variances in Patients withCancer. Cancer Research, 84(5), 757-770.

2、Gonzales,M. M., Garbarino, V. R., Kautz, T. F., Palavicini, J. P., Lopez-Cruzan, M.,Dehkordi, S. K., Mathews, J. J., Zare, H., Xu, P., Zhang, B., Franklin,C., Habes, M., Craft, S., Petersen, R. C., Tchkonia, T., Kirkland, J. L.,Salardini, A., Seshadri, S., Musi, N., & Orr, M. E. (2023). Senolytictherapy in mild Alzheimer's disease: a phase 1 feasibility trial. NatureMedicine, 29(10), 2481-2488.

3、Choi,I., Wang, M., Yoo, S., Xu, P., Seegobin, S. P., Li, X., Han, X., Wang,Q., Peng, J., Zhang, B., & Yue, Z. (2023). Autophagy enables microgliato engage amyloid plaques and prevents microglial senescence. NatureCell Biology, 25(7), 963-974.

4、Song,W. M., Elmas, A., Farias, R., Xu, P., Zhou, X., Hopkins, B., Huang, K.L., & Zhang, B. (2023). Multiscale protein networks systematicallyidentify aberrant protein interactions and oncogenic regulators in seven cancertypes. Journal of Hematology & Oncology, 16(1), 120.

5、Forst,C. V., Zeng, L., Wang, Q., Zhou, X., Vatansever, S., Xu, P., Song, W.M., Tu, Z., & Zhang, B. (2023). Multiscale network analysis identifiespotential receptors for SARS‐CoV‐2 and reveals their tissue‐specific andage‐dependent expression. FEBS Letters, 597(10), 1384-1402.

6、Zhang,Z., Luo, L., Xing, C., Chen, Y., Xu, P.,Li, M., Zeng, L., Li, C., Ghosh, S., Della Manna, D., et al. (2021). RNF2 ablation reprograms the tumor-immunemicroenvironment and stimulates durable NK and CD4+ T-cell-dependent antitumorimmunity. Nature Cancer 2,1018-1038.

7、Dehkordi,S. K., Walker, J., Sah, E., Bennett, E., Atrian, F., Frost, B., Woost, B.,Bennett, R. E., Orr, T. C., Zhou, Y., Andhey, P. S., Colonna, M., Sudmant, P.H., Xu, P., Wang, M., Zhang, B., Zare, H., & Orr, M. E. (2021). Profilingsenescent cells in human brains reveals neurons with CDKN2D/p19 and tauneuropathology. Nature Aging, 1(12), 1107-1116.

教育背景

2006年9月－2010年6月：本科，山东大学

2010年9月－2016年6月：博士，中科院上海生命科学研究院

科研/工作背景

2016年9月－2017年8月：博士后，佐治亚大学

2017年9月－2019年9月：博士后，阿拉巴马大学伯明翰分校

2019年10月－2022年1月：博士后，西奈山伊坎医学院

2022年2月－2024年1月：讲师，西奈山伊坎医学院

2024年1月 – 至今：研究员，东南大学