禹东川教授主持和参与了包括973项目、国家自然科学基金重点项目、中央高校专项经费项目在内的项目20余项，申请国家发明专利20余项，发表了百余篇学术论文（其中SCI论文50余篇）。

禹东川教授已经取得的主要成果包括：（1）禹东川教授是国内较早利用近红外脑成像仪（fNIRS）开展正常儿童和孤独症谱系障碍儿童社会功能评估的学者之一，已初步建立了儿童社会情绪能力评测的行为、生理与影像综合指标，并研制了一系列社会情绪能力评测与训练仪器，并积极探索如何改善和干预特殊个体社会情绪能力的方法和技术；（2）禹东川教授是国际上较早从事脑网络分析及拓扑估计问题研究的学者，创新地提出了两种网络拓扑估计方法，为结构-功能关系、神经回路的估计、疾病预测、儿童社会情绪能力发展评测与干预、认知功能的脑功能网络表征等一系列问题的解决奠定了良好的理论和算法基础，代表成果发表在Physical Review Letters（影响因子为 9.227）等国际知名期刊上；（3）禹东川教授系统地提出了儿童健康管理的“医教整合”思想，围绕儿童健康发展的具体目标，整合神经科学、遗传代谢、发育科学、认知科学、教育学、发展心理学、数据科学、人工智能等多学科的最先进研究成果，以及最有效的教育实践和医学临床经验，从不同层面开展医学评估和教育评估，依据评估结果采取合适的医学干预和教育干预措施，从而实现更精准的疾病诊断、干预和治疗、预防及促进个体潜力发展等目标；（4）禹东川教授研制出了一系列儿童发展评测与功能训练仪器，主要聚焦于儿童学习能力评估与功能训练、儿童注意缺陷多动障碍的早期鉴别与干预、学习困难的早期鉴别与干预，目前已经用于北京、上海、南京、重庆、成都、青岛、临沂等城市的学校和儿童医院/妇幼保健院，经过十多年的努力，超过20万儿童接受了禹东川教授团队的指导和服务。